神亀二年行基菩薩が開基。
延暦二十二年弘法大師が来錫して、本尊を刻み、伽藍を整備し、医王山蓮光院吉祥寺と号す。
戦国時代には、虎丸城主安富越前守盛方の菩提寺となりその寄進によって七堂伽藍も整い、末寺二十四ヶ寺を数える程の隆盛であったが、長曽我部の兵火で焼失。
更に、寛文、享保と続いて火災に遭うなどの厄難の後、そのつど再建されて現在に至っている。現本堂は平安朝風の様式で平成三年に完成される。