天平年間釈迦院として行基菩薩が開創。
弘仁年間弘法大師が当地に巡錫し、千手観音を自刻して安置。
貞観十年理源大師が、中興開山として、現在の寺号に定められる。
その時、海中より出現した薬師如来を、本尊として祀る。
以来、宇多天皇の勅願所となり、藩主生駒親正、松平頼重の祈願所となるなど、栄光の歴史を閲して、現在に至っている。